Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:

- c -

• cache_au_planes() : EMAN::Symmetry3D
• cache_size : EMAN::Symmetry3D
• cached_au_planes : EMAN::Symmetry3D
• calc_amp1() : EMAN::EMAN1Ctf , EMAN::EMAN2Ctf
• calc_amplitude() : EMAN::EMAN1Ctf , EMAN::EMAN2Ctf
• calc_az_dist() : EMAN::EMData
• calc_bessel() : EMAN::Util
• calc_best_fft_size() : EMAN::Util
• calc_bilinear_least_square() : EMAN::Util
• calc_ccf() : EMAN::EMData
• calc_ccfx() : EMAN::EMData
• calc_center_density() : EMAN::EMData
• calc_center_of_mass() : EMAN::EMData
• calc_correlation() : EMAN::XYData
• calc_ctf1() : EMAN::EMAN1Ctf , EMAN::EMAN2Ctf
• calc_dist() : EMAN::EMData
• calc_fast_sigma_image() : EMAN::EMData
• calc_flcf() : EMAN::EMData
• calc_fourier_shell_correlation() : EMAN::EMData
• calc_g1() : EMAN::EMAN1Ctf , EMAN::EMAN2Ctf
• calc_g2() : EMAN::EMAN1Ctf , EMAN::EMAN2Ctf
• calc_gamma() : EMAN::EMAN1Ctf , EMAN::EMAN2Ctf
• calc_highest_locations() : EMAN::EMData
• calc_hist() : EMAN::EMData
• calc_lambda() : EMAN::EMAN2Ctf , EMAN::EMAN1Ctf
• calc_least_square_fit() : EMAN::Util
• calc_locals() : EMAN::RealPixelProcessor , EMAN::CoordinateProcessor , EMAN::CircularMaskProcessor , EMAN::MaskEdgeMeanProcessor , EMAN::MaskGaussInvProcessor
• calc_max_index() : EMAN::EMData
• calc_max_location() : EMAN::EMData
• calc_max_location_wrap() : EMAN::EMData
• calc_mean() : EMAN::NormalizeProcessor , EMAN::NormalizeUnitProcessor , EMAN::NormalizeUnitSumProcessor , EMAN::NormalizeStdProcessor , EMAN::NormalizeMaskProcessor , EMAN::NormalizeEdgeMeanProcessor , EMAN::NormalizeCircleMeanProcessor , EMAN::NormalizeLREdgeMeanProcessor , EMAN::NormalizeMaxMinProcessor
• calc_min_index() : EMAN::EMData
• calc_min_location() : EMAN::EMData
• calc_mutual_correlation() : EMAN::EMData
• calc_noise() : EMAN::EMAN1Ctf , EMAN::EMAN2Ctf
• calc_radial_dist() : EMAN::EMData
• calc_ref_image_index() : EMAN::LstFastIO , EMAN::LstIO
• calc_sigma() : EMAN::NormalizeMaxMinProcessor , EMAN::NormalizeProcessor , EMAN::NormalizeUnitProcessor , EMAN::NormalizeUnitSumProcessor , EMAN::NormalizeMaskProcessor
• calc_sigma_diff() : EMAN::EMData
• calc_snr() : EMAN::EMAN1Ctf
• calcsigmamean : EMAN::KMeansAnalyzer
• calculate_min_max_vals() : EMAN::MarchingCubes
• calculate_surface() : EMAN::MarchingCubes
• call_cl1() : EMAN::Util
• CANG() : EMAN::Util
• cb2sph() : EMAN::ChaoProjector
• ccc_images() : EMAN::Util
• ccc_images_G() : EMAN::Util
• ccf : EMAN::CUDA_Aligner
• cconj() : EMAN::EMData
• cell_alpha : EMAN::XplorIO
• cell_beta : EMAN::XplorIO
• cell_gama : EMAN::XplorIO
• cella1 : EMAN::ImagicIO::ImagicHeader
• cella2 : EMAN::ImagicIO::ImagicHeader
• cellx : EMAN::ImagicIO::ImagicHeader
• celly : EMAN::ImagicIO::ImagicHeader
• cellz : EMAN::ImagicIO::ImagicHeader
• center_origin() : EMAN::EMData
• center_origin_fft() : EMAN::EMData
• center_origin_yz() : EMAN::EMData
• center_to_zero() : EMAN::PointArray
• centers : EMAN::KMeansAnalyzer
• chainId : EMAN::PDBReader
• change_filename_ext() : EMAN::Util
• changecount : EMAN::EMData
• CHAR : EMAN::Gatan::TagData , EMAN::VtkIO
• check_file_by_magic() : EMAN::Util
• check_image() : EMAN::TestUtil
• check_read_access() : EMAN::ImageIO
• check_region() : EMAN::ImageIO
• check_write_access() : EMAN::ImageIO
• ciend : cilist
• cierr : cilist
• cifmt : cilist
• CircularMaskProcessor() : EMAN::CircularMaskProcessor
• cirec : cilist
• cit : EMAN::Symmetry3D
• ciunit : cilist
• cl1() : EMAN::Util
• ClampingProcessor() : EMAN::ClampingProcessor
• classify() : EMAN::BoxingTools
• clear() : EMAN::Dict , EMAN::CustomVector< type > , EMAN::PCA
• clear_min_max_vals() : EMAN::MarchingCubes
• clip_inplace() : EMAN::EMData
• ClipInplaceVariables() : EMAN::EMData::ClipInplaceVariables
• clipnum : EMAN::EmimIO::EmimImageHeader
• cluster_equalsize() : EMAN::Util
• cluster_pairwise() : EMAN::Util
• cm_euc() : EMAN::EMData
• cml_disc() : EMAN::Util
• cml_init_rot() : EMAN::Util
• cml_line_in3d() : EMAN::Util
• cml_line_insino() : EMAN::Util
• cml_line_insino_all() : EMAN::Util
• cml_prepare_line() : EMAN::Util
• cml_spin_psi() : EMAN::Util
• cml_update_rot() : EMAN::Util
• cml_weights() : EMAN::Util
• cmp() : EMAN::Cmp , EMAN::CccCmp , EMAN::SqEuclideanCmp , EMAN::DotCmp , EMAN::TomoDotCmp , EMAN::QuadMinDotCmp , EMAN::OptVarianceCmp , EMAN::PhaseCmp , EMAN::FRCCmp , EMAN::EMData , EMAN::XYZCmp
• cmp1() : EMAN::Util
• cmp2() : EMAN::Util
• CmpFactoryExt() : EMAN::CmpFactoryExt
• cmplx() : EMAN::EMData
• CmpMode : EMAN::BoxingTools
• cog() : EMAN::EMData
• colored_rectangle() : EMAN::GLUtil
• colorMappingByClassSize() : EMAN::BoxSVDClassifier
• colors : EMAN::BoxingTools
• colreverse() : EMAN::Util
• column() : EMAN::Matrix4 , EMAN::Matrix3
• comment : EMAN::EmIO::EMHeader
• common_lines() : EMAN::EMData
• common_lines_real() : EMAN::EMData
• complex : EMAN::ImagicIO::ImagicHeader
• COMPLEX16_DATA : EMAN::Gatan::DataType
• COMPLEX8_DATA : EMAN::Gatan::DataType
• components26() : wustl_mm::SkeletonMaker::Volume
• components6() : wustl_mm::SkeletonMaker::Volume
• compress_image_mask() : EMAN::Util
• compute_1d() : EMAN::Ctf , EMAN::EMAN2Ctf , EMAN::EMAN1Ctf
• compute_2d_complex() : EMAN::Ctf , EMAN::EMAN1Ctf , EMAN::EMAN2Ctf
• compute_2d_real() : EMAN::Ctf , EMAN::EMAN1Ctf , EMAN::EMAN2Ctf
• conj() : EMAN::Quaternion
• conjg() : EMAN::EMData
• const_iterator() : EMAN::Dict::const_iterator
• continue_frc_calc() : EMAN::InterpolatedFRCMode7 , EMAN::InterpolatedFRC , EMAN::InterpolatedFRCMode1 , EMAN::InterpolatedFRCMode2 , EMAN::InterpolatedFRCMode4 , EMAN::InterpolatedFRCMode5 , EMAN::InterpolatedFRCMode6 , EMAN::InterpolatedFRCMode3
• continue_frc_calc_functoid() : EMAN::InterpolatedFRC
• convolute() : EMAN::EMData
• ConvolutionProcessor() : EMAN::ConvolutionProcessor
• CoordinateProcessor() : EMAN::CoordinateProcessor
• copy() : EMAN::EMData , EMAN::PDBReader , EMAN::PointArray
• copy_exclude_keys() : EMAN::Dict
• copy_exclusive_keys() : EMAN::Dict
• copy_from() : EMAN::EMAN1Ctf , EMAN::Ctf , EMAN::EMAN2Ctf
• copy_head() : EMAN::EMData
• copy_keys_in() : EMAN::Dict
• copy_matrix_into_array() : EMAN::Transform
• copy_relevant_params() : EMAN::FactoryBase
• count : EMAN::ImagicIO::ImagicHeader , EMAN::EmimIO::EmimFileHeader
• count_stop : EMAN::PDBReader
• countExt() : wustl_mm::SkeletonMaker::Volume
• countInt() : wustl_mm::SkeletonMaker::Volume
• countIntEuler() : wustl_mm::SkeletonMaker::Volume
• coveig() : EMAN::Util
• coveig_for_py() : EMAN::Util
• covmat : EMAN::PCAsmall
• create_inverse() : EMAN::Quaternion
• create_kernel() : EMAN::AreaProcessor , EMAN::LaplacianProcessor , EMAN::ZeroConstantProcessor
• create_processor_image() : EMAN::ImageProcessor
• create_radial_func() : EMAN::HighpassSharpCutoffProcessor , EMAN::LowpassSharpCutoffProcessor , EMAN::SetSFProcessor , EMAN::HighpassTanhProcessor , EMAN::FourierProcessor , EMAN::LinearRampProcessor , EMAN::MatchSFProcessor , EMAN::HighpassAutoPeakProcessor , EMAN::LowpassTanhProcessor , EMAN::HighpassButterworthProcessor , EMAN::HighpassGaussProcessor , EMAN::FourierAnlProcessor , EMAN::LowpassGaussProcessor , EMAN::LinearRampFourierProcessor
• Crosrng_e() : EMAN::Util
• Crosrng_ew() : EMAN::Util
• Crosrng_ms() : EMAN::Util
• Crosrng_msg() : EMAN::Util
• Crosrng_msg_m() : EMAN::Util
• Crosrng_msg_s() : EMAN::Util
• Crosrng_msg_vec() : EMAN::Util
• Crosrng_msg_vec_p() : EMAN::Util
• Crosrng_ns() : EMAN::Util
• Crosrng_sm_psi() : EMAN::Util
• cross() : EMAN::Vec3< Type >
• cs : EMAN::Ctf
• CSym() : EMAN::CSym
• CSYM : EMAN::Transform3D
• ctf : EMAN::CtfAverager
• CTF : EMAN::CUDA_Aligner , EMAN::EMObject , AlignOptions
• ctf : EMAN::Wiener2DFourierProcessor
• ctf2 : EMAN::point_t
• CTF_ : EMAN::Processor
• CTF_AMP : EMAN::Ctf
• CTF_BACKGROUND : EMAN::Ctf
• ctf_img() : EMAN::Util
• CTF_MAGIC : EMAN::ImagicIO , EMAN::MrcIO
• CTF_SIGN : EMAN::Ctf
• CTF_SNR : EMAN::Ctf
• CTF_SNR_SMOOTH : EMAN::Ctf
• CTF_TOTAL : EMAN::Ctf
• CTF_WIENER_FILTER : EMAN::Ctf
• CtfAverager() : EMAN::CtfAverager
• CtfCWautoAverager() : EMAN::CtfCWautoAverager
• ctfn : EMAN::CtfAverager
• CTFOS : EMAN::Ctf
• CtfType : EMAN::Ctf
• CUDA_Aligner() : EMAN::CUDA_Aligner
• cuda_available() : EMAN::EMUtil
• cur : wustl_mm::SkeletonMaker::GridQueue2
• cur_h : EMAN::SpiderIO
• curves : EMAN::CtfAverager
• curveSkeleton() : wustl_mm::SkeletonMaker::Volume
• curveSkeleton2D() : wustl_mm::SkeletonMaker::Volume
• CustomVector() : EMAN::CustomVector< type >
• cut_slice() : EMAN::EMData
• cyclicshift() : EMAN::Util