Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:

- s -

• s : EMAN::Transform3D
• SaffOrientationGenerator() : EMAN::SaffOrientationGenerator
• sal_file : EMAN::SalIO
• SalIO() : EMAN::SalIO
• save_byteorder_to_dict() : EMAN::EMData
• save_data() : EMAN::Util
• save_to_pdb() : EMAN::PDBReader , EMAN::PointArray
• sbasename() : EMAN::Util
• sBtable : sincBlackman , EMAN::Util::sincBlackman
• sBwin_tab() : EMAN::Util::sincBlackman , sincBlackman
• scale : EMAN::OptVarianceCmp , EMAN::LinearXformProcessor , EMAN::SpiderIO::SpiderHeader , EMAN::EMData
• scale_pixel() : EMAN::EMData
• scalefactor : EMAN::PifIO::PifFileHeader
• scaling() : EMAN::Matrix4
• scan_mode : EMAN::SalIO
• ScanAxis : EMAN::SalIO
• ScanMode : EMAN::SalIO
• scannum : EMAN::PifIO::PifImageHeader
• score : EMAN::ImageScore , wustl_mm::SkeletonMaker::gridQueueEle
• ScreenPoint() : EMAN::ScreenPoint
• ScreenVector() : EMAN::ScreenVector
• search_nearby() : EMAN::AutoMask3DProcessor
• sec : EMAN::ImagicIO::ImagicHeader
• SECTION_MODE : EMAN::XplorIO
• set() : EMAN::ImageSort , EMAN::Transform , EMAN::Transform3D
• set_array_offsets() : EMAN::EMData , EMAN::EMArray< T >
• set_attr() : EMAN::EMData
• set_attr_dict() : EMAN::EMData
• set_attr_dict_explicit() : EMAN::EMData
• set_attr_python() : EMAN::EMData
• set_background() : EMAN::EMAN2Ctf
• set_center() : EMAN::Transform3D
• set_changecount() : EMAN::EMData
• set_col() : EMAN::EMData
• set_complex() : EMAN::EMData
• set_complex_size() : EMAN::EMData
• set_complex_x() : EMAN::EMData
• set_CTF() : AlignOptions
• set_ctf() : EMAN::EMData
• set_data() : EMAN::EMData , EMAN::Isosurface , EMAN::MarchingCubes
• set_data_pickle() : EMAN::EMData
• set_default() : EMAN::Dict
• set_depth() : EMAN::EMFTGL , EMAN::Region
• set_dtheta() : AlignOptions
• set_endian() : EMAN::Gatan::TagTable
• set_face_size() : EMAN::EMFTGL
• set_fftodd() : EMAN::EMData
• set_fftpad() : EMAN::EMData
• set_FH() : EMAN::EMData
• set_first_ring() : AlignOptions
• set_flags() : EMAN::EMData
• set_flipped() : EMAN::EMData
• set_font_file_name() : EMAN::EMFTGL
• set_font_mode() : EMAN::EMFTGL
• set_frc_integral() : EMAN::InterpolatedFRC::QualityScores
• set_from() : EMAN::PointArray
• set_from_density_map() : EMAN::PointArray
• set_have_angles() : AlignOptions
• set_height() : EMAN::Region
• set_last_ring() : AlignOptions
• set_level() : EMAN::Log
• set_line() : EMAN::Util
• set_log_level() : EMAN::Util
• set_logfile() : EMAN::Log
• set_mask3D() : AlignOptions
• set_matrix() : EMAN::Transform
• set_maxit() : AlignOptions
• set_mirror() : EMAN::Transform
• set_mode() : EMAN::BoxingTools
• set_norm() : EMAN::InterpolatedFRC::QualityScores
• set_normed_snr_integral() : EMAN::InterpolatedFRC::QualityScores
• set_number_points() : EMAN::PDBReader , EMAN::PointArray
• set_nxc() : EMAN::EMData
• set_origin() : EMAN::Region
• set_params() : EMAN::SigmaProcessor , EMAN::CircularMaskProcessor , EMAN::MaskSharpProcessor , EMAN::MaskEdgeMeanProcessor , EMAN::MaskGaussProcessor , EMAN::MaskGaussNonuniformProcessor , EMAN::AreaProcessor , EMAN::PeakOnlyProcessor , EMAN::PaintProcessor , EMAN::Projector , EMAN::GaussFFTProjector , EMAN::InterpolatedFRC , EMAN::PCAsmall , EMAN::PCAlarge , EMAN::varimax , EMAN::Transform , EMAN::Aligner , EMAN::Analyzer , EMAN::KMeansAnalyzer , EMAN::SVDAnalyzer , EMAN::Averager , EMAN::WeightingAverager , EMAN::CtfCWAverager , EMAN::CtfCWautoAverager , EMAN::Cmp , EMAN::FactoryBase , EMAN::Processor , EMAN::SNREvalProcessor , EMAN::AmpweightFourierProcessor , EMAN::Wiener2DAutoAreaProcessor , EMAN::Wiener2DFourierProcessor , EMAN::LowpassFourierProcessor , EMAN::HighpassFourierProcessor , EMAN::LinearRampProcessor , EMAN::RealPixelProcessor , EMAN::InvertCarefullyProcessor , EMAN::ValuePowProcessor , EMAN::CollapseProcessor , EMAN::LinearXformProcessor , EMAN::ExpProcessor , EMAN::FiniteProcessor , EMAN::RangeThresholdProcessor
• set_params_inverse() : EMAN::Transform
• set_path() : EMAN::EMData
• set_pathnum() : EMAN::EMData
• set_points_array() : EMAN::PDBReader , EMAN::PointArray
• set_post_x_mirror() : EMAN::Transform3D
• set_posttrans() : EMAN::Transform3D
• set_pre_trans() : EMAN::Transform
• set_pretrans() : EMAN::Transform3D
• set_progname() : EMAN::TestUtil
• set_radial_non_zero() : EMAN::BoxingTools
• set_randnum_seed() : EMAN::Util
• set_ref_angle_type() : AlignOptions
• set_region() : EMAN::BoxingTools
• set_ri() : EMAN::EMData , AlignOptions
• set_rotation() : EMAN::EMData , EMAN::Transform , EMAN::Transform3D
• set_row() : EMAN::EMData
• set_rstep() : AlignOptions
• set_sampling() : EMAN::Isosurface , EMAN::MarchingCubes
• set_scale() : EMAN::Transform , EMAN::Transform3D
• set_seed() : EMAN::Randnum
• set_shuffled() : EMAN::EMData
• set_sirt_lam() : AlignOptions
• set_sirt_maxit() : AlignOptions
• set_sirt_tol() : AlignOptions
• set_size() : EMAN::EMData , EMAN::XYData
• set_snr() : EMAN::EMAN2Ctf , AlignOptions
• set_snr_normed_frc_integral() : EMAN::InterpolatedFRC::QualityScores
• set_step() : AlignOptions
• set_supp_pickle() : EMAN::EMData
• set_surface_value() : EMAN::Isosurface , EMAN::MarchingCubes
• set_symmetry() : AlignOptions
• set_thumb_index() : EMAN::Gatan::TagTable
• set_trans() : EMAN::Transform
• set_translation() : EMAN::EMData
• set_use_sirt() : AlignOptions
• set_using_display_lists() : EMAN::EMFTGL
• set_value() : EMAN::Vec2< Type > , EMAN::Vec3< Type > , EMAN::Vec2< Type >
• set_value_at() : EMAN::EMData , EMAN::Vec3< Type > , EMAN::Vec2< Type >
• set_value_at_fast() : EMAN::EMData
• set_vector_at() : EMAN::PointArray
• set_width() : EMAN::Region
• set_x() : EMAN::XYData
• set_xrng() : AlignOptions
• set_xy_list() : EMAN::XYData
• set_xyz_origin() : EMAN::EMData
• set_xyzoff() : EMAN::EMData
• set_y() : EMAN::XYData
• set_yrng() : AlignOptions
• SetDataAt() : wustl_mm::SkeletonMaker::VolumeData
• setDataAt() : wustl_mm::SkeletonMaker::Volume
• setDims() : EMAN::BoxSVDClassifier
• setdm() : EMAN::ChaoProjector
• setOrigin() : wustl_mm::SkeletonMaker::Volume
• SetOrigin() : wustl_mm::SkeletonMaker::VolumeData
• SetSize() : wustl_mm::SkeletonMaker::VolumeData
• setSpacing() : wustl_mm::SkeletonMaker::Volume
• SetSpacing() : wustl_mm::SkeletonMaker::VolumeData
• setup() : EMAN::nnSSNR_ctfReconstructor , EMAN::nnSSNR_Reconstructor , EMAN::Reconstructor , EMAN::CUDA_Aligner , EMAN::FourierReconstructorSimple2D , EMAN::FourierReconstructor , EMAN::BaldwinWoolfordReconstructor , EMAN::WienerFourierReconstructor , EMAN::BackProjectionReconstructor , EMAN::nn4Reconstructor , EMAN::nnSSNR_Reconstructor , EMAN::nn4_ctfReconstructor , EMAN::nnSSNR_ctfReconstructor , EMAN::XYZReconstructor
• setup4slice() : EMAN::EMData
• sf : EMAN::CtfAverager
• sfopen() : EMAN::ImageIO
• sget_value_at() : EMAN::EMData
• sget_value_at_interp() : EMAN::EMData
• SGIROT : EMAN::Transform3D
• sgn() : EMAN::Util
• SHIFT : EMAN::Processor
• shift : EMAN::OptVarianceCmp , EMAN::LinearXformProcessor
• SHORT : EMAN::VtkIO , EMAN::Gatan::TagData
• SHORT_CTF_MAGIC : EMAN::MrcIO
• shrange : APMQopt
• shuffle_pad_corner() : EMAN::EMData
• sigma : EMAN::SpiderIO::SpiderHeader , EMAN::Util::Gaussian , EMAN::ImagicIO::ImagicHeader , EMAN::PifIO::PifImageHeader , EMAN::RealPixelProcessor , EMAN::CoordinateProcessor , Gaussian
• sigma_image : EMAN::IterationAverager , EMAN::ImageAverager
• SIGNED_INT16_DATA : EMAN::Gatan::DataType
• SIGNED_INT32_DATA : EMAN::Gatan::DataType
• SIGNED_INT64_DATA : EMAN::Gatan::DataType
• SIGNED_INT8_DATA : EMAN::Gatan::DataType
• sincBlackman() : sincBlackman , EMAN::Util::sincBlackman
• SINGLE_IMAGE_HEADER : EMAN::SpiderIO
• SingleSpiderIO() : EMAN::SingleSpiderIO
• singular_vals : EMAN::PCA
• sinhwin() : EMAN::Util::FakeKaiserBessel , FakeKaiserBessel , KaiserBessel , EMAN::Util::KaiserBessel
• sirt_lam : AlignOptions
• sirt_maxit : AlignOptions
• sirt_tol : AlignOptions
• size() : EMAN::Dict , EMAN::CustomVector< type > , EMAN::Region , EMAN::InterpolatedFRC , EMAN::ImageSort , EMAN::TypeDict , EMAN::EMArray< T > , EMAN::EMCache< T >
• size_of_in_bytes() : EMAN::U3DWriter
• skeleton() : wustl_mm::SkeletonMaker::Volume
• slice_agreement_flag : EMAN::FourierReconstructor
• slice_insertion_flag : EMAN::FourierReconstructor
• slice_value : EMAN::MaskGaussInvProcessor
• slicereverse() : EMAN::Util
• slope : EMAN::LinearRampProcessor
• slowseed : EMAN::KMeansAnalyzer
• snr : EMAN::CtfAverager , AlignOptions , EMAN::EMAN2Ctf
• snr_normed_frc_intergral : EMAN::InterpolatedFRC::QualityScores
• snri : EMAN::CtfAverager
• snrn : EMAN::CtfAverager
• snrsum : EMAN::CtfCWautoAverager
• sort() : EMAN::ImageSort , wustl_mm::SkeletonMaker::GridQueue
• sort_by_axis() : EMAN::PointArray
• sort_mat() : EMAN::Util
• space : EMAN::ImagicIO::ImagicHeader
• space2 : EMAN::ImagicIO::ImagicHeader
• space3 : EMAN::ImagicIO::ImagicHeader
• spacingx : EMAN::VtkIO
• spacingy : EMAN::VtkIO
• spacingz : EMAN::VtkIO
• SPECULAR_COLOR_COUNT : EMAN::U3DWriter
• sph2cb() : EMAN::ChaoProjector
• SPIDER : EMAN::Transform3D
• spider_file : EMAN::SpiderIO
• SpiderIO() : EMAN::SpiderIO
• SpiderType : EMAN::SpiderIO
• SPIN : EMAN::Transform3D
• spline() : EMAN::Util
• spline_mat() : EMAN::Util
• splint() : EMAN::Util
• SqEuclideanCmp() : EMAN::SqEuclideanCmp
• sqrt() : EMAN::EMData
• square() : EMAN::Util
• square_sum() : EMAN::Util
• squared_length() : EMAN::Vec2< Type > , EMAN::Vec3< Type >
• sstrncmp() : EMAN::Util
• stamp : EMAN::IcosIO::IcosHeader
• STAMP : EMAN::IcosIO
• stamp1 : EMAN::IcosIO::IcosHeader
• STAMP1 : EMAN::IcosIO
• STAMP2 : EMAN::IcosIO
• stamp2 : EMAN::IcosIO::IcosHeader
• STAMP3 : EMAN::IcosIO
• stamp3 : EMAN::IcosIO::IcosHeader
• start : EMAN::PawelProjector::IPCube
• static_get_param_types() : EMAN::RotateTranslateFlipAligner , EMAN::RotateFlipAligner
• STEP : EMAN::CUDA_Aligner
• step : AlignOptions
• str : EMAN::EMObject
• str_to_lower() : EMAN::Util
• strarray : EMAN::EMObject
• STRING : EMAN::Gatan::TagData , EMAN::EMObject
• STRINGARRAY : EMAN::EMObject
• STRUCT : EMAN::Gatan::TagData
• STRUCTURED_GRID : EMAN::VtkIO
• STRUCTURED_POINTS : EMAN::VtkIO
• sub() : EMAN::EMData
• sub_fav() : EMAN::Util
• sub_img() : EMAN::Util
• subn_img() : EMAN::Util
• subsquare() : EMAN::EMData
• sum : EMAN::SNREvalProcessor , EMAN::AmpweightFourierProcessor
• sum_oe() : EMAN::CUDA_Aligner
• supp : EMAN::EMData
• surface_face_z() : EMAN::MarchingCubes
• surfaceSkeletonPres() : wustl_mm::SkeletonMaker::Volume
• SVDAnalyzer() : EMAN::SVDAnalyzer
• svdcmp() : EMAN::Util
• swap() : wustl_mm::SkeletonMaker::GridQueue2
• swap_bytes() : EMAN::ByteOrder
• swap_central_slices_180() : EMAN::Phase180Processor
• swap_corners_180() : EMAN::Phase180Processor
• swap_data() : EMAN::SpiderIO
• swap_header() : EMAN::MrcIO , EMAN::ImagicIO , EMAN::SpiderIO
• swapEle() : wustl_mm::SkeletonMaker::GridQueue
• SWARM_AVERAGE_RATIO : EMAN::BoxingTools
• SWARM_DIFFERENCE : EMAN::BoxingTools
• SWARM_RATIO : EMAN::BoxingTools
• symmetry : AlignOptions
• Symmetry3D() : EMAN::Symmetry3D
• symplane0() : EMAN::EMData
• symplane0_ctf() : EMAN::EMData
• symplane1() : EMAN::EMData
• symplane2() : EMAN::EMData
• SymType : EMAN::Transform3D
• symvol() : EMAN::EMData