EMAN2
alignoptions.h
Go to the documentation of this file.
00001 #ifndef ALIGNOPTIONS_H
00002 #define ALIGNOPTIONS_H
00003 
00004 #include "mpi.h"
00005 #include "emdata.h"
00006 #include <string>
00007 
00008 using namespace EMAN;
00009 
00010 class AlignOptions {
00011 public:
00012     AlignOptions();
00013     AlignOptions(Vec3i& volsize);
00014     AlignOptions(const AlignOptions& old_options);
00015     virtual ~AlignOptions();
00016 
00017     void set_mask3D(EMData * mask3D);
00018     void set_first_ring(int first_ring);
00019     void set_last_ring(int last_ring);
00020     void set_rstep(int rstep);
00021     void set_ri(int ri);
00022     void set_xrng(float xrng);
00023     void set_yrng(float yrng);
00024     void set_step(float step);
00025     void set_dtheta(float dtheta);
00026     void set_snr(float snr);
00027     void set_symmetry(std::string symmetry);
00028     void set_CTF(bool CTF);
00029     void set_have_angles(bool have_angles);
00030     void set_ref_angle_type(std::string ref_angle_type);
00031     void set_use_sirt(bool use_sirt);
00032     void set_sirt_tol(float sirt_tol);
00033     void set_sirt_lam(float sirt_lam);
00034     void set_sirt_maxit(int sirt_maxit);
00035     void set_maxit(int maxit);
00036 
00037     EMData * get_mask3D();
00038     int   get_first_ring();
00039     int   get_last_ring();
00040     int   get_rstep();
00041     int   get_ri();
00042     float get_xrng();
00043     float get_yrng();
00044     float get_step();
00045     float get_dtheta();
00046     float get_snr();
00047     std::string get_symmetry();
00048     bool  get_CTF();
00049     bool  get_have_angles();
00050     std::string get_ref_angle_type();
00051     bool  get_use_sirt();
00052     float get_sirt_tol();
00053     float get_sirt_lam();
00054     int   get_sirt_maxit();
00055     int   get_maxit();
00056 private:
00057 
00058     EMData * mask3D;
00059     int first_ring;
00060     int last_ring;
00061     int rstep;
00062     int ri;
00063     float xrng;
00064     float yrng;
00065     float step;
00066     float dtheta;
00067     float snr;
00068     std::string symmetry;
00069     bool CTF;
00070     bool have_angles;
00071     std::string ref_angle_type;
00072     bool use_sirt;
00073     float sirt_tol;
00074     float sirt_lam;
00075     int sirt_maxit;
00076     int maxit;
00077 };
00078 #endif // ALIGNOPTIONS_H