Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:

- s -

• SaffOrientationGenerator() : EMAN::SaffOrientationGenerator
• SalIO() : EMAN::SalIO
• save_byteorder_to_dict() : EMAN::EMData
• save_data() : EMAN::Util
• save_pdb_with_helix() : EMAN::PointArray
• save_to_pdb() : EMAN::PDBReader, EMAN::PointArray
• sbasename() : EMAN::Util
• scale() : EMAN::EMData, EMAN::LinearXformProcessor, EMAN::OmapIO::OmapHeader, EMAN::OptVarianceCmp, EMAN::SpiderIO::SpiderHeader, EMAN::Transform
• scale2 : EMAN::OmapIO::OmapHeader
• scale_fac : EMAN::PifIO::PifFileHeader
• ScaleAlignerABS() : EMAN::ScaleAlignerABS
• scalefactor : EMAN::PifIO::PifFileHeader
• scaling() : EMAN::Matrix4
• scan_mode : EMAN::SalIO
• ScanAxis : EMAN::SalIO
• ScanMode : EMAN::SalIO
• scannum : EMAN::PifIO::PifImageHeader
• score : EMAN::ImageScore, wustl_mm::SkeletonMaker::gridQueueEle
• ScreenPoint() : EMAN::ScreenPoint
• ScreenVector() : EMAN::ScreenVector
• SDGDProcessor() : EMAN::SDGDProcessor
• sec : EMAN::ImagicIO2::Imagic4D, EMAN::ImagicIO::ImagicHeader
• SECTION_MODE : EMAN::XplorIO
• segid : EMAN::TomoObject
• SER_CHAR : EMAN::SerIO
• SER_COMPLEX16 : EMAN::SerIO
• SER_COMPLEX8 : EMAN::SerIO
• SER_DOUBLE : EMAN::SerIO
• SER_FLOAT : EMAN::SerIO
• SER_INT : EMAN::SerIO
• SER_SHORT : EMAN::SerIO
• SER_UCHAR : EMAN::SerIO
• SER_UINT : EMAN::SerIO
• SER_USHORT : EMAN::SerIO
• SerDataMode : EMAN::SerIO
• serh : EMAN::SerIO
• SeriesID : EMAN::SerIO::SerHeader
• SeriesVersion : EMAN::SerIO::SerHeader
• SerImgMode : EMAN::SerIO
• SerIO() : EMAN::SerIO
• SerTagType : EMAN::SerIO
• set() : EMAN::ImageSort, EMAN::Transform
• set_background() : EMAN::EMAN2Ctf
• set_cmap_data() : EMAN::ColorRGBGenerator
• set_data() : EMAN::ColorRGBGenerator, EMAN::Isosurface, EMAN::MarchingCubes
• set_default() : EMAN::Dict
• set_depth() : EMAN::EMFTGL, EMAN::Region
• set_endian() : EMAN::Gatan::TagTable, EMAN::GatanDM4::TagTable
• set_face_size() : EMAN::EMFTGL
• set_font_file_name() : EMAN::EMFTGL
• set_font_mode() : EMAN::EMFTGL
• set_from() : EMAN::PointArray
• set_from_density_map() : EMAN::PointArray
• set_height() : EMAN::Region
• set_level() : EMAN::Log
• set_log_level() : EMAN::Util
• set_logfile() : EMAN::Log
• set_matrix() : EMAN::Transform
• set_mirror() : EMAN::Transform
• set_mode() : EMAN::BoxingTools
• set_num_images_found() : EMAN::GatanDM4::TagTable
• set_number_points() : EMAN::PDBReader, EMAN::PointArray
• set_origin() : EMAN::Region
• set_param() : EMAN::FactoryBase
• set_params() : EMAN::Aligner, EMAN::AmpweightFourierProcessor, EMAN::Analyzer, EMAN::AreaProcessor, EMAN::Averager, EMAN::Axis0FourierProcessor, EMAN::CircularMaskProcessor, EMAN::Cmp, EMAN::CollapseProcessor, EMAN::CtfCAutoAverager, EMAN::CtfCWautoAverager, EMAN::CtfWtAverager, EMAN::CtfWtFiltAverager, EMAN::DiscritizeProcessor, EMAN::DoGFourierProcessor, EMAN::ExpProcessor, EMAN::FactoryBase, EMAN::FiniteProcessor, EMAN::FixSignProcessor, EMAN::GaussFFTProjector, EMAN::GaussZFourierProcessor, EMAN::KMeansAnalyzer, EMAN::LinearRampProcessor, EMAN::LinearXformProcessor, EMAN::LoGFourierProcessor, EMAN::MaskEdgeMeanProcessor, EMAN::MaskGaussNonuniformProcessor, EMAN::MaskGaussProcessor, EMAN::MaskSharpProcessor, EMAN::MaskSoftProcessor, EMAN::MorphologicalProcessor, EMAN::PaintProcessor, EMAN::PeakOnlyProcessor, EMAN::PolyMaskProcessor, EMAN::Processor, EMAN::Projector, EMAN::RadialProcessor, EMAN::RangeThresholdProcessor, EMAN::RangeZeroProcessor, EMAN::RealPixelProcessor, EMAN::RecipCarefullyProcessor, EMAN::SigmaProcessor, EMAN::SNREvalProcessor, EMAN::SVDAnalyzer, EMAN::Transform, EMAN::ValuePowProcessor, EMAN::Wiener2DAutoAreaProcessor, EMAN::Wiener2DFourierProcessor
• set_params_inverse() : EMAN::Transform
• set_phase() : EMAN::Ctf, EMAN::EMAN1Ctf, EMAN::EMAN2Ctf
• set_points_array() : EMAN::PDBReader, EMAN::PointArray
• set_pre_trans() : EMAN::Transform
• set_progname() : EMAN::TestUtil
• set_radial_non_zero() : EMAN::BoxingTools
• set_randnum_seed() : EMAN::Util
• set_region() : EMAN::BoxingTools
• set_rotation() : EMAN::Transform
• set_sampling() : EMAN::Isosurface, EMAN::MarchingCubes
• set_scale() : EMAN::Transform
• set_seed() : EMAN::Randnum
• set_size() : EMAN::XYData
• set_snr() : EMAN::EMAN2Ctf
• set_state() : EMAN::XYData
• set_surface_value() : EMAN::Isosurface, EMAN::MarchingCubes
• set_thumb_index() : EMAN::Gatan::TagTable, EMAN::GatanDM4::TagTable
• set_trans() : EMAN::Transform
• set_using_display_lists() : EMAN::EMFTGL
• set_value() : EMAN::Vec2< Type >, EMAN::Vec3< Type >, EMAN::Vec4< Type >
• set_value_at() : EMAN::Vec2< Type >, EMAN::Vec3< Type >, EMAN::Vec4< Type >
• set_vector_at() : EMAN::PointArray
• set_verb() : EMAN::TomoSeg
• set_width() : EMAN::Region
• set_x() : EMAN::XYData
• set_xy_list() : EMAN::XYData
• set_xyz_origin() : EMAN::EMData
• set_y() : EMAN::XYData
• setCmapData() : EMAN::Isosurface, EMAN::MarchingCubes
• setCmapMinMax() : EMAN::Isosurface, EMAN::MarchingCubes
• setDataAt() : wustl_mm::SkeletonMaker::Volume
• SetDataAt() : wustl_mm::SkeletonMaker::VolumeData
• setDims() : EMAN::BoxSVDClassifier
• setdm() : EMAN::ChaoProjector
• setMinMax() : EMAN::ColorRGBGenerator
• setNeedToRecolor() : EMAN::ColorRGBGenerator
• setOrigin() : EMAN::ColorRGBGenerator, wustl_mm::SkeletonMaker::Volume
• SetOrigin() : wustl_mm::SkeletonMaker::VolumeData
• setRGBmode() : EMAN::ColorRGBGenerator, EMAN::Isosurface, EMAN::MarchingCubes
• setRGBorigin() : EMAN::Isosurface, EMAN::MarchingCubes
• setRGBscale() : EMAN::Isosurface, EMAN::MarchingCubes
• setScale() : EMAN::ColorRGBGenerator
• SetSize() : wustl_mm::SkeletonMaker::VolumeData
• setSpacing() : wustl_mm::SkeletonMaker::Volume
• SetSpacing() : wustl_mm::SkeletonMaker::VolumeData
• setup() : EMAN::BackProjectionReconstructor, EMAN::CUDA_Aligner, EMAN::CUDA_multiref_aligner, EMAN::FourierIterReconstructor, EMAN::FourierReconstructor, EMAN::FourierReconstructorSimple2D, EMAN::nn4_ctf_rectReconstructor, EMAN::nn4_ctfReconstructor, EMAN::nn4_ctfwReconstructor, EMAN::nn4_ctfwsReconstructor, EMAN::nn4_rectReconstructor, EMAN::nn4Reconstructor, EMAN::nnSSNR_ctfReconstructor, EMAN::nnSSNR_Reconstructor, EMAN::RealMedianReconstructor, EMAN::Reconstructor, EMAN::XYZReconstructor
• setup4slice() : EMAN::EMData
• setup_params() : EMAN::CUDA_multiref_aligner
• setup_seed() : EMAN::FourierIterReconstructor, EMAN::FourierReconstructor, EMAN::Reconstructor
• setup_seedandweights() : EMAN::FourierIterReconstructor, EMAN::FourierReconstructor, EMAN::Reconstructor
• sfopen() : EMAN::ImageIO
• SGI_IBM : EMAN::ImagicIO2
• sgn() : EMAN::Util
• ShapeAnalyzer() : EMAN::ShapeAnalyzer
• shift : EMAN::LinearXformProcessor, EMAN::OptVarianceCmp
• SHIFT : EMAN::Processor
• SHORT : EMAN::EMObject, EMAN::Gatan::TagData, EMAN::GatanDM4::TagData, EMAN::VtkIO
• SHORT_CTF_MAGIC : EMAN::MrcIO
• si : EMAN::EMObject
• sigma : EMAN::CoordinateProcessor, EMAN::ImagicIO2::Imagic4D, EMAN::ImagicIO::ImagicHeader, EMAN::LoGFourierProcessor, EMAN::MorphologicalProcessor, EMAN::PifIO::PifImageHeader, EMAN::RealPixelProcessor, EMAN::SpiderIO::SpiderHeader
• sigma1 : EMAN::DoGFourierProcessor
• sigma2 : EMAN::DoGFourierProcessor
• sigma_image : EMAN::ImageAverager
• SigmaAverager() : EMAN::SigmaAverager
• SIGNED_INT16_DATA : EMAN::Gatan::DataType, EMAN::GatanDM4::DataType
• SIGNED_INT32_DATA : EMAN::Gatan::DataType, EMAN::GatanDM4::DataType
• SIGNED_INT64_DATA : EMAN::Gatan::DataType, EMAN::GatanDM4::DataType
• SIGNED_INT8_DATA : EMAN::Gatan::DataType, EMAN::GatanDM4::DataType
• sim_add_point_double() : EMAN::PointArray
• sim_add_point_one() : EMAN::PointArray
• sim_descent() : EMAN::PointArray
• sim_minstep() : EMAN::PointArray
• sim_minstep_seq() : EMAN::PointArray
• sim_pointpotential() : EMAN::PointArray
• sim_potential() : EMAN::PointArray
• sim_potentiald() : EMAN::PointArray
• sim_potentialdxyz() : EMAN::PointArray
• sim_printstat() : EMAN::PointArray
• sim_rescale() : EMAN::PointArray
• sim_set_pot_parms() : EMAN::PointArray
• sim_updategeom() : EMAN::PointArray
• SINGLE_IMAGE_HEADER : EMAN::SpiderIO
• SingleOrientationGenerator() : EMAN::SingleOrientationGenerator
• SingleSpiderIO() : EMAN::SingleSpiderIO
• sinoend : EMAN::ImagicIO2::Imagic4D
• sinostart : EMAN::ImagicIO2::Imagic4D
• SITUS_HEADER_LINES : EMAN::SitusIO
• SitusIO() : EMAN::SitusIO
• size : EMAN::CustomVector< type >, EMAN::Dict, EMAN::ImageSort, EMAN::Region, EMAN::TypeDict
• size_of_in_bytes() : EMAN::U3DWriter
• skeleton() : wustl_mm::SkeletonMaker::Volume
• skeletonDirectionRadius : wustl_mm::GraySkeletonCPP::VolumeSkeletonizer
• skelmap : EMAN::TomoSeg
• slice_value : EMAN::MaskGaussInvProcessor
• slices : EMAN::RealMedianReconstructor
• slope : EMAN::LinearRampProcessor
• slowseed : EMAN::KMeansAnalyzer
• snr : EMAN::EMAN2Ctf
• snrsum : EMAN::CtfCAutoAverager, EMAN::CtfCWautoAverager
• sort() : EMAN::ImageSort, wustl_mm::SkeletonMaker::GridQueue
• sort_by_axis() : EMAN::PointArray
• sort_mat() : EMAN::Util
• spaberr : EMAN::ImagicIO2::Imagic4D
• space : EMAN::ImagicIO::ImagicHeader
• space2 : EMAN::ImagicIO::ImagicHeader
• space3 : EMAN::ImagicIO::ImagicHeader
• spacingx : EMAN::VtkIO
• spacingy : EMAN::VtkIO
• spacingz : EMAN::VtkIO
• SPECULAR_COLOR_COUNT : EMAN::U3DWriter
• sph2cb() : EMAN::ChaoProjector
• SpiderIO() : EMAN::SpiderIO
• SpiderType : EMAN::SpiderIO
• SqEuclideanCmp() : EMAN::SqEuclideanCmp
• square() : EMAN::Util
• square_sum() : EMAN::Util
• squared_length() : EMAN::Vec2< Type >, EMAN::Vec3< Type >
• sstrncmp() : EMAN::Util
• stack_size : EMAN::MrcIO
• stamp : EMAN::IcosIO::IcosHeader
• STAMP : EMAN::IcosIO
• stamp1 : EMAN::IcosIO::IcosHeader
• STAMP1 : EMAN::IcosIO
• stamp2 : EMAN::IcosIO::IcosHeader
• STAMP2 : EMAN::IcosIO
• stamp3 : EMAN::IcosIO::IcosHeader
• STAMP3 : EMAN::IcosIO
• start : EMAN::PawelProjector::IPCube
• static_get_param_types() : EMAN::RotateFlipAligner, EMAN::RotateFlipAlignerIterative, EMAN::RotateTranslateFlipAligner, EMAN::RotateTranslateFlipAlignerIterative
• STEP : EMAN::CUDA_Aligner, EMAN::CUDA_multiref_aligner
• step : EMAN::DiscritizeProcessor
• stos2() : EMAN::EMAN2Ctf
• str : EMAN::EMObject
• str_to_lower() : EMAN::Util
• strarray : EMAN::EMObject
• STRING : EMAN::EMObject, EMAN::Gatan::TagData, EMAN::GatanDM4::TagData
• STRINGARRAY : EMAN::EMObject
• STRUCT : EMAN::Gatan::TagData, EMAN::GatanDM4::TagData
• STRUCTURED_GRID : EMAN::VtkIO
• STRUCTURED_POINTS : EMAN::VtkIO
• sub : EMAN::MrcIO::FeiMrcHeader
• subnx : EMAN::ReconstructorVolumeData
• subny : EMAN::ReconstructorVolumeData
• subnz : EMAN::ReconstructorVolumeData
• subx0 : EMAN::FourierPixelInserter3D, EMAN::ReconstructorVolumeData
• suby0 : EMAN::FourierPixelInserter3D, EMAN::ReconstructorVolumeData
• subz0 : EMAN::FourierPixelInserter3D, EMAN::ReconstructorVolumeData
• sum : EMAN::AmpweightFourierProcessor, EMAN::SNREvalProcessor
• sum_oe() : EMAN::CUDA_Aligner
• supp : EMAN::EMData
• surface_face_z() : EMAN::MarchingCubes
• surfaceRadius : wustl_mm::GraySkeletonCPP::VolumeSkeletonizer
• surfaceSkeletonPres() : wustl_mm::SkeletonMaker::Volume
• SVDAnalyzer() : EMAN::SVDAnalyzer
• svdcmp() : EMAN::Util
• swap() : wustl_mm::SkeletonMaker::GridQueue2
• swap_bytes() : EMAN::ByteOrder
• swap_central_slices_180() : EMAN::Phase180Processor
• swap_corners_180() : EMAN::Phase180Processor
• swap_data() : EMAN::SpiderIO
• swap_header() : EMAN::ImagicIO2, EMAN::ImagicIO, EMAN::MrcIO, EMAN::SpiderIO
• swapEle() : wustl_mm::SkeletonMaker::GridQueue
• SWARM_AVERAGE_RATIO : EMAN::BoxingTools
• SWARM_DIFFERENCE : EMAN::BoxingTools
• SWARM_RATIO : EMAN::BoxingTools
• Symmetry3D() : EMAN::Symmetry3D